先天为本，洛书为纲。这是《易数玄机》的指导思想和理论依据。古代易学很简朴，从战国到秦汉，五行之说盛行，和周易结合到一起，易学就变的复杂化了，后来的易学家，有把干支、九星、六神等等都加进去，越发展越繁琐，反而失去了之学的要义。陈抟为此却不以为然，他只用先天八卦和洛书的象数进行推演，和汉以后流行的易占方法有很大差别。
本卦除“人五”为主爻外，其余八爻每爻都含有两个复卦，作为该爻的补充卦象。另外，从三才卦的关系看，上中下三卦之间也包含着六个复卦，即：天人关系，人地关系，天地关系；地人关系，人天关系，地天关系。形成卦象就是：泽风大过，风雷益，泽雷随，雷风恒，风泽中孚，雷泽归妹。这六卦是本卦的补充卦象。
一个三才卦中就包含着二十二个复卦，其丰富内涵，堪称“易占之最”
三才卦的构成如此复杂，涉及复卦太多，是否会造成断卦者思想混乱，无所适从，这是不会的。因为三才卦首先是根据各爻的阴阳顺逆来判断吉凶得失，结论很明确，包含的复卦作为补充卦象，它只能引起联想，启发灵感，加深认识，有助于解卦。在参照周易经文时，见仁见智，全凭解卦者的直觉，不必遵循加别人的注解。
三才卦以上、中、下三卦分主天时、人和、地利。八经卦皆可充当上、中、下卦共计主卦二十四，统称“二十四主”。每一主卦与爻位之间有三个爻象，二十四主产生的爻象统称“七十二爻象”。九爻卦中间的“人五”产生的爻象比较特殊；阳爻为“正”，表现刚与动；阴爻为“和”表现柔与静。因为“人五”系代表求卜者，故为主爻。主爻为阳，可化解阴性逆爻；主爻为阴，可化解阳性逆爻。七十二爻象中，人五爻象有八个，与复卦无关，其余六十四爻象，则分别对应周易六十四卦。
爻象由主卦与爻位产生，主卦和爻互为内外，每一爻都要产生两个复卦。例如，乾主上卦，中爻对雷八爻位，以乾为内卦，雷为外卦，产生复卦为“雷天大壮”；反之，以雷为内卦，乾为外卦，产生复卦为“天雷无妄”。此一爻象即喻示：事态将由大壮向无妄转化。
三才八阵的数与理
象数之学历来是易象与易数并重,《易数玄机》对易数尤为重视。三才八阵常用易数，有些是各种数术通用的，如先天八卦序数、河洛易数等等；另外也有《易数玄机》独创的易数，主要是三才数和玄机数。现分别简述如下：
以乾为首的先天八卦序数，形成于周易，但后来与先天八卦方位同样，长久失传。宋初由希夷先生再度传出，经邵雍、朱熹等大家认定，始盛行于易学界。乃至以后天八卦为指导理论的多种数术，也使用先天八卦序数。三才卦以先天序数代表卦名，广泛应用于三才八阵五百一十二卦中。洛书九数是三才卦最常用的易数，排卦时要以“洛书为纲”解卦时分析综合也不外乎这九个数。
三才数包括：天成数、人成数、地成数。这是《易数玄机》独创的法则，只在依据问卜者生辰排演三才卦时有用。天成数包括年和月，古代以干支纪年，三才卦化年为数，只计天干。比如丙子年生，丙数为三；壬午年生，壬数为九。月数：十二月就是十二数，是几月生就算几数。年数加月数，以八除得余数定上卦。
